生検や手術などで患者様から採取された組織検体の病理診断（年間約3,000 件）や、術中迅速検体の病理診断が主な業務です。検査科に所属する臨床検査技師（細胞検査士、認定病理検査技師）とともに細胞診検体の病理診断（年間約3,000 件）や病理解剖も行なっています。

病理専門医は全国でも3,000人に満たず、熊本県内の病理専門医は27名です（ 2024年4月現在）。 当院には専任の常勤病理専門医（および細胞診専門医）が1名勤務しており、病理診断科を標榜しています。日本病理学会研修登録施設および日本臨床細胞学会認定施設の認定を受けています。他施設で作製された組織標本の病理診断も行なっており、地域医療に貢献しています。

病理診断科では患者様に対して直接医療行為を行うことはありませんが、各診療科の医師と密接に連携し、治療方針の決定や治療効果判定などを通して当院の医療に参加しています。各診療科とのカンファレンスや症例検討会などを行い、医療の質の向上に努めています。病理診断には多種多様な疾患の最新の医学知識が必要となるため、日本病理学会や九州沖縄スライドコンファレンス、各種セミナーなどに積極的に参加し、知識のアップデートと病理診断の精度管理に努めています。